上周,由广州市生物产业联盟、深圳市生物医药促进会、全国创新生物医药创业投资服务联盟和华南生物材料出入境公共服务平台,与药明康德HitS事业部合作开展的“新药源记· 广州深圳站——疫情环境下加速新靶点Hit发现方法和生物材料快速通关政策解析”研讨会,线上圆满召开。
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研讨会特邀药明康德HitS事业部中国区研发负责人苏文姬博士、产品创新中心负责人崔维仁博士和细胞技术平台负责人蒋晨晓博士,以及华南生物材料出入境公共服务平台营销总监曹蒋华女士,为生物医药领域同仁们提供了一个交流与学习的平台。来自产业界、学术界及公共事务部门的专家学者们,立足药物发现和技术创新踊跃探讨、交流观点和灵感碰撞,线上直播氛围活跃,Q&A环节更是有针对性地解答参会者的提问和咨询(见文末)。
DEL技术的研发进展及潜在机会
图1 药明康德HitS事业部DEL技术进展
在研讨会上,苏文姬博士着重介绍新型筛选技术DNA编码化合物库(DEL)的工作原理(👉3D视频)、技术优势、应用场景和最新动态,包括DEL 在新型分子和hit follow up领域的进展,以及HitS事业部DEL平台的概览。
如何在1个月内完成DEL有效筛选?
图2 药明康德HitS事业部DELight产品工作流程
随后,崔博士从DEL亲和筛选的原理、流程和特点这三个角度,引出了HitS事业部的三种DEL筛选赋能模式,并着重介绍了自助式DEL产品的概况和DEL+ML这一筛选组合拳的打法。在讲解DELight自助式筛选试剂盒时,崔博士用通俗易懂的表述结合Aurora Kinase A案例,为大家介绍DELight试剂盒中5分钟QC试纸和其他质控步骤,是如何代替繁琐的实验步骤,帮助用户预判DEL筛选结果的。除此之外,崔博士深入浅出地介绍了机器学习与DEL筛选相结合的先天优势和挑战所在,并讲述了👉DEL+ML是如何帮助Aurora Kinase A靶点找到更好的苗头化合物的故事。
实战案例分享 & DEL开源资源分享
图3 DELopen平台愿景和DELopen试剂盒概览
蒋晨晓博士关注DEL筛选后有效信息的收集和分析、结构信息的优化和潜在苗头化合物的关键性指标等。详细介绍了HitS事业部是如何突破DEL瓶颈,成功将其应用于👉RNA靶点筛选、👉共价小分子抑制剂和👉双功能小分子如PROTAC™和分子胶的研发等方面。并且详细介绍了药明康德HitS事业部携手Scripps研究所共同发起的面向高校、研究院所和非盈利性组织等学术机构DELopen平台,以及平台的愿景初心、服务内容、运转模式和申请机制。
华南生物材料出入境公共服务平台
图4 华南生物材料出入境公共服务平台介绍
曹蒋华女士为大家介绍了华南生物材料出入境公共服务平台的基本情况和服务内容。作为华南地区首个,也是国内继北京中关村、上海张江之后的第三个生物材料快速通关平台,广州海关已调配具有监管、关税和医学专业背景的人员进驻平台,为企业提供“一站式”通关服务。目前,平台已融合了报关报税、检疫查验、仓储物流、集采商贸四大功能,为生物医药研发试剂及样品、产品进出境开辟了安全便捷路径,加快推进生物医药产业集聚。
Q & A 集锦
1
问:药明康德现在的DEL分子是单链还是双链?有没有这方面的拓展计划?
答 :我们都是双链的,工业界应用的成熟DEL服务均是双链设计。双链DEL库对化学反应更兼容,库容量的拓展性和库稳定性也更好。除此之外,双链DEL库的测序和扩增效率也是我们需要重点考虑的。相比之下,单链DEL库在化学反应和库大小中表现出局限性,使其目前主要在几个学术机构的实验室里得到应用。
2
问:机器学习训练用到的是多个DEL库的数据吗?如果是的话,如何比较不同大小DEL库的实验结果呢?
答 :我们应用的是多个DEL库。在初期内部验证阶段,我们早期的模型训练尝试基于一个信号最强的DEL库的数据,用这个模型进行一些预测,预测结果与多个库的数据相比,我们发现用多个库数据训练的效果比单一库更好一些。
对于不同大小DEL库筛选结果的评估,我们内部有非常完善的信息学方法,包括并不限于一整套数据标准化方案来降低了不同库数据的不均一性。区别于其他数据评估方法,我们不仅考虑筛选后能获取的小分子的拷贝值大小,我们也会参考标准化之后的富集度数值,以进行综合分析。
3
问:将DEL应用在病毒方面,尤其是像RNA酶,这种与RNA或者DNA亲和力较高的靶点,要如何避免非特异性的结合?
答 :我们从实验层面和数据层面都有一套方法进行处理,比如说在筛选条件选择阶段,在缓冲液中添加鱼精DNA(sssDNA)等成分,可以有效的去除非特异性结合。后续的数据分析阶段,还可以通过一些信息学手段,识别非特异性富集的特定序列/信号或来自于对照库的一些典型富集信号,在数据分析时进行去除或标记。目前,HitS平台已经成功交付过很多DNA结合蛋白项目,获得了客户的一致好评。
4
问:我们有进口寡核苷酸池的需求,请问从华南平台怎么进口呢?
答 :寡核苷酸池一般属于C类物品,海珠海关给予的政策是“一次审批,多次核销”,就是说如果企业一年内多次进口,而且属于相同品名及规格低风险生物研发样品,一年只需要做一次审批,即可多次核销,享受快速审批、全程监控的通关便利。
药明康德HitS事业部
药明康德HitS事业部为全球药物研发行业提供具有竞争力的一体化靶标到苗头化合物发现解决方案。本着以研究为首任,以客户为中心的宗旨,药明康德HitS事业部通过高质量和个性化的研发服务,助力客户提升苗头化合物开发效率,服务范围涵盖蛋白科学、抗体科学、DNA编码化合物库技术、生物物理学和结构生物学研究等领域。
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※来源:药明康德HitS平台
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